По опыту проезда белорусской таможни в сторону Украины - Болгарии (и в противоположном направлении) - на таможне могут посмореть/откопировать ветпаспорт и сертификат (в будочке "ветсанконтроль" или как-то так), а могут и забить и пропустить так, по опыту россиян пропускают быстро и с минимумом формальностей и осмотра.
Про Литву - ничего не знаю, увы.

зайдите на местный форум newkaliningrad.ru , в кошачью ветку, там вам наверняка быстрее помогут.

Добро пожаловать ))

Ир, вот тут еще спроси - useful_faq